Sissi prend son courage à deux mains et déclare à Ulrich son amour pour lui. N’étant pas très flatté par cette nouvelle, Ulrich pique une crise de fou rire et vexe la chipie du collège. Pour se venger, cette dernière décide de semer la zizanie entre Ulrich et Yumi. Pendant qu'elle passe à l'action, le Supercalculateur a trouvé un nouveau moyen d’attaquer la planète : contaminer les frelons présents dans le parc du collège et mener ainsi des attaques en piqué. Yumi, Ulrich et Odd devront donc se rendre sur Lyoko pour contrer cette attaque. Mais la machination de Sissi a bien marché : l’équilibre du groupe est menacée...

Gros problème signalé dans la bande de nos héros : Jérémie est trop intelligent. Ses professeurs veulent lui faire passer des tests pour qu’il change d’école pour intégrer un lycée spécial petits génies ! C’est le drame pour nos héros : sans Jérémie, comment vont-ils lutter contre XANA ? Et puis, et Aelita ? Sans Jérémie, la matérialisation, c’est fini !
Jérémie décide donc d’échouer aux tests prévus. Pendant qu'il passe les épreuves bloqué dans une salle, XANA a trouvé de nouvelles armes pour attaquer le collège : il a transformé les rats de la ville en bêtes de combat.
Comment Aelita, Ulrich, Yumi et Odd vont-ils s’en sortir sans leur petit génie pour les guider ?

Lorsque la copie conforme d’Aelita rentre dans la classe d’Ulrich, Odd et Jérémie, aucun des trois n’en croit ses yeux, elles se ressemblent comme deux gouttes d’eau. Ceci est très étrange, surtout qu'Aelita semble avoir disparu de Lyoko. Jérémie, lui, est certain qu’il ne s’agit pas d’une coïncidence. Aelita s’est bien matérialisée, il en est sûr. Ulrich, Odd, et Yumi, eux, le sont moins. Et… ils ont raison : Aelita est en fait blessée sur Lyoko, trop faible pour entendre et répondre aux appels de Jérémie. C’est d’autant plus grave que la nouvelle se révèle être un véritable danger.

Nous sommes en plein cours de sciences et tout à coup les portables de tous élèves se mettent à sonner. Personne n’obtient de correspondant mais Mme Hertz confisque tous les téléphones. Après une petite enquête, Jérémie se rend compte que toutes ces sonneries ont été déclenchées par XANA. L’ordinateur maléfique utilise l’antenne relais du collège/lycée pour prendre le contrôle d’un satellite militaire. Ce satellite est un engin militaire de destruction phénoménale qui pourrait rayer de la carte la plus grande des métropoles du monde. Et XANA tente d’en prendre le contrôle…
Seule une victoire dans le monde de Lyoko pourrait encore sauver la situation.

Une catastrophe s’est abattue sur nos héros : un réalisateur de cinéma va tourner un film dans leur usine ! Juste à coté du laboratoire, des scanners… de Lyoko ! Et s'il découvrait l'existence du monde virtuel… ça en serait fini pour Aelita, Jérémie, Odd, Yumi et Ulrich ! Après avoir essayé de lui faire renoncer -en vain- à son projet de film dans l’usine, Ulrich arrive à se faire engager au poste de stagiaire, la meilleure façon pour surveiller tout ce monde et de protéger le laboratoire.
Dommage pour lui, Sissi a décroché un petit rôle dans le film et ne compte pas le lâcher d’une semelle. Et comme un malheur arrive rarement seul, XANA arrive à prendre possession du personnage principal du film, un Alien en plastique aux tentacules impressionnantes. La mission de ce nouvel ennemi ? Venir à bout de nos héros. Le réalisateur, persuadé que Ulrich est l’auteur du vol de l’Alien, se mêle de tout cela.
Course poursuites et danger assuré, jusqu'à ce qu'Aelita parvienne -juste à temps- à désactiver la tour.

Pendant une mission comme les autres, Aelita et Yumi sont sur Lyoko lorsque, sans raison, Yumi disparaît et se rematérialise dans un scanner de l’usine. Ulrich, Odd et Jérémie transportent leur amie évanouie à l’infirmerie. Mais lorsqu’elle se réveille et que ses amis la questionnent sur la raison de cette dévirtualisation, elle agit très bizarrement : elle insiste pour retourner à l’usine, tout de suite.
Mais ce que les garçons ne savent pas, c’est que c’est un tour de XANA ! Il retient prisonnière la VRAIE Yumi alors que son double maléfique et quasiment invincible est sur Terre avec la funeste mission d’anéantir nos héros.
Jérémie décide, sans méfiance, d’envoyer Odd et Ulrich sur Lyoko pour aider Aelita à désactiver la tour. Jérémie est donc seul avec la créature de XANA. Seule la vraie Yumi libérée par ses amis parvient à revenir sur Terre pour affronter son double.