Le proviseur du collège/lycée de nos héros à décidé d’agrandir le gymnase. Les bulldozers et autres machines sont donc de la partie. Mais XANA aussi. Et les bulldozers sont des cibles qu’il ne tarde pas a récupérer pour en faire des armes. Nos héros doivent donc très vite stopper cette attaque qui se dirige droit vers l’usine et leur laboratoire secret. Yumi, Odd et Ulrich se rendent donc sur Lyoko pour contrer l'attaque du Supercalculateur mais, pendant la bataille, un faux pas de Yumi la projette dans la Mer numérique, ce qui la rend virtuelle a jamais. Pour Jérémie qui venait de découvrir la clé de la matérialisation d’Aelita, c’est l’horreur : il n'y a qu’une seule tentative de matérialisation possible. Ce sera donc ou Yumi ou Aelita…

Toutes les banques de donnés d’Internet sont perturbées, la cause ? XANA ! Le Supercalculateur à envoyé un virus sur Internet. Les problèmes causés par celui-ci sont très vite réglés et sans beaucoup de conséquences mais le terminal des lignes ferroviaires a beaucoup souffert lui, tellement qu’il est impossible d’arrêter la course folle de deux trains qui vont inévitablement se percuter. Nos héros doivent donc, et en urgence, se rendre sur Lyoko pour contrer le plan dramatique de XANA. Mais bien sûr, Sissi va encore faire des siennes en poursuivant Ulrich, gênant ainsi nos héros dans leur mission.

Sissi a la preuve de l’existence de Lyoko et des activités clandestines d’Ulrich : le journal intime de celui-ci ! Elle oblige Ulrich à s’intéresser à elle grâce au journal. Le jour d’une sortie piscine, elle en profite pour passer à l’attaque, mais le moment est mal choisi : Ulrich doit être libre de ses mouvements car XANA s’est emparé du bus qui le transporte lui et les autres élèves. Le bus maintenant devenu prison roulante fonce droit sur le complexe chimique de la ville ! Seuls Yumi, Odd et Aelita peuvent arrêter le bus prison mais à quel prix ? Sauront-ils gérer leurs points de vie et le temps qui leur est imparti ?

Jérémie a fait exprès de se faire coller pendant les vacances pour être là au cas ou XANA lancerait une nouvelle attaque contre la Terre. Malheureusement, il est suivi par Sissi qui, le soupçonnant d’activités clandestines, se débrouille pour rester elle aussi au collège/lycée. Jim, le prof de gym, est chargé par le proviseur de surveiller les deux adolescents. Il se trouve que Jérémie avait raison : XANA a réussi à envahir le collège/lycée de fumée toxique provenant de produits dont il a pris le contrôle. Jim et Sissi sont en danger : reclus dans un petit réduit, ils sont bientôt a court d’oxygène. Jérémie, se trouvant seul pour combattre XANA et sachant la situation désespérée, appelle Yumi, Ulrich et Odd a la rescousse. Ils rejoindront le collège/lycée à temps et pourront stopper l'attaque avant qu'il ne soit trop tard...

Odd tente de monter un groupe de musique lorsque XANA s’empare du système électrique qui alimente tout le collège/lycée. Après une courte enquête sur les intentions de XANA il découvre que le Supercalculateur espère ainsi faire exploser la centrale nucléaire et ainsi rayer la ville de la carte. Devant l’ampleur du danger, ils décident de percer le secret en révélant l’existence de Lyoko aux autorités. Cette information est tellement invraisemblable que personne ne les croit. Yumi, Aelita, Jérémie, Odd et Ulrich devront donc se débrouiller seuls pour empêcher la catastrophe qui détruirait la ville entière.

L’horrible Supercalculateur XANA lance une nouvelle attaque sur la planète Terre. Il a réussi à prendre le contrôle de l’ours en peluche de Milly, une élève de 6ème inscrite dans le même collège/lycée que nos héros. L’ours prend vie et, à mesure que le temps passe, grandit vite, trop vite : il atteint la taille d’un immeuble même pas une demi-heure après que XANA ait pris son contrôle. Toute la ville est menacée. Pendant qu'Ulrich se précipite chez Yumi pour lui prêter main-forte, Odd doit se rendre seul sur Lyoko (aidé bien sur de Jérémie) pour aider Aelita, la gardienne virtuelle de Lyoko, à arrêter l’attaque de XANA en pénétrant dans la tour activée. Pendant ce temps Ulrich, Yumi et la petite Milly qui s’est joint à eux auront beaucoup à faire pour échapper aux griffes du monstre géant...