L’horrible Supercalculateur XANA lance une nouvelle attaque sur la planète Terre. Il a réussi à prendre le contrôle de l’ours en peluche de Milly, une élève de 6ème inscrite dans le même collège/lycée que nos héros. L’ours prend vie et, à mesure que le temps passe, grandit vite, trop vite : il atteint la taille d’un immeuble même pas une demi-heure après que XANA ait pris son contrôle. Toute la ville est menacée. Pendant qu'Ulrich se précipite chez Yumi pour lui prêter main-forte, Odd doit se rendre seul sur Lyoko (aidé bien sur de Jérémie) pour aider Aelita, la gardienne virtuelle de Lyoko, à arrêter l’attaque de XANA en pénétrant dans la tour activée. Pendant ce temps Ulrich, Yumi et la petite Milly qui s’est joint à eux auront beaucoup à faire pour échapper aux griffes du monstre géant...