Pendant une mission comme les autres, Aelita et Yumi sont sur Lyoko lorsque, sans raison, Yumi disparaît et se rematérialise dans un scanner de l’usine. Ulrich, Odd et Jérémie transportent leur amie évanouie à l’infirmerie. Mais lorsqu’elle se réveille et que ses amis la questionnent sur la raison de cette dévirtualisation, elle agit très bizarrement : elle insiste pour retourner à l’usine, tout de suite.
Mais ce que les garçons ne savent pas, c’est que c’est un tour de XANA ! Il retient prisonnière la VRAIE Yumi alors que son double maléfique et quasiment invincible est sur Terre avec la funeste mission d’anéantir nos héros.
Jérémie décide, sans méfiance, d’envoyer Odd et Ulrich sur Lyoko pour aider Aelita à désactiver la tour. Jérémie est donc seul avec la créature de XANA. Seule la vraie Yumi libérée par ses amis parvient à revenir sur Terre pour affronter son double.
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